增值税发票盖有已验真伪的章还可以作废吗

可以。
企业领购新发票，必须先将原先使用过的发票存根交由税务机关审核，这个过程也就是实务当中的发票验旧。在税务机关审核无误的前提下，才可以领购新的发票。对于已经验过的发票不能作废，下月开红票冲减即可，没有抄税可以作废。对于增值税专用发票，其作废与验旧无关。当月开具的专用发票，可以直接在系统中作废;隔月的专用发票，则不能作废，只能通过负数发票来冲减。

当月开具的，当月可以作废。跨月的，需要开具红字发票。